不在者財産管理人が不動産を売却した後に不在者が出現した場合は、不在者財産管理人は管理している売却代金等の財産を、現状のまま不在者へ返還すればよいということになります。
出現した不在者から売却の責任を追及されたらどうすればいいのか、という懸念があると思います。しかし、売却には裁判所の許可が必要です。これが責任回避のひとつの理由になると思います。
2010:03:10 不在者所有の不動産を,不在者財産管理人が売却することはできますか。のページで売却手続について説明したとおり、不在者財産管理人の権限は財産の管理・保存行為にかぎられ、その処分には裁判所の許可が必要です。管理さえきちんとやっていれば特に問題はないと思います。
もちろん、管理財産を勝手に処分したりすると責任を追及されることになりかねませんので、ご注意ください。